Der Grundstein für die Maria-Anna-Heese’sche Stiftung wurde im Jahr 1854 gelegt. Da bestimmte die wohlhabende Witwe Maria Anna Heese, geborene Ley, dass aus ihrem Nachlass ein „Institut zur Erziehung armer katholischer Kinder“ und ein „Hospital zur Pflege Kranker“ errichtet werden sollte. 1864 entstand das erste „Marianen-Hospital“ auf dem Standort des Geburtshauses der Wohltäterin in der Kämperstraße (heute Elisabeth Haus). Baubeginn für das damals neue Krankenhaus an der Unnaerstrasse in Werl war 1902.

Das Krankenhaus in Trägerschaft der Stiftung bekam aufgrund seiner Bedeutung für die Stadt 1982 zusätzliche Unterstützung durch den Krankenhaus-Förderverein, der sich aus einer Bürgerinitiative heraus gegründet hatte. In den neunziger Jahren erfolgten dann umfassende Modernisierungsmaßnahmen, ehe das Mariannen-Hospital im Jahr 2000 mit der Gründung des Katholischen Hospitalverbundes Hellweg gGmbH in einen starken Verbund eintrat.

Seit dem Jahr 1958 errichtete die Stiftung auch Kindergärten: zuerst den St.Vinzenz Kindergarten, dann 1986 den St.Michael Kindergarten und den Marianne-Heese-Kindergarten 1995. Im Sommer 2023 ist der Neubau des St.Benedikt Kindergartens fertig gestellt. Somit werden im Kindergartenjahr 2023/24 ca. 300 Kinder im Alter von 3 Monaten bis zur Einschulung betreut.

Ein weiteres Anliegen der Stiftung ist es in eigenen Immobilien Wohnraum „zur Unterbringung hilfsbedürftiger Menschen“ zur Verfügung zu stellen. Ein auch heute noch sehr aktuelles Anliegen.